Bùi Bá Kỳ là người làng Phù Nội thuộc châu Hạ Hồng, trấn Ninh Giang xưa; nay thuộc huyện Thanh Miện, tỉnh Hải Dương.

Theo lời biểu của Bùi Bá Kỳ tâu với vua Minh Thành Tổ, thì cha ông Bùi Bá Kỳ đều làm chính đại phu, chết vì việc nước. Mẹ ông cũng có họ hàng gần với nhà Trần cho nên thuở nhỏ ông được vào hầu quý vương, làm quan đến ngũ phẩm, sau theo làm tỳ tướng của tướng Trần Khát Chân. Theo sách Đại Nam nhất thống chí, ông từng đỗ Thái học sinh của nhà Trần.[1].

Khi Hồ Quý Ly giết hại Trần Khát Chân và tông thất nhà Trần, nghe lời bạn là Lê Cảnh Tuân, liền chạy sang Yên Kinh (Bắc Kinh) gặp Minh Thành Tổ, xin nhà Minh mang quân sang đánh nhà Hồ và lập lại nhà Trần.

Nghe lời tâu, vua Minh lấy làm cảm động sai quan chu cấp cơm áo cho ông. Ít lâu sau có Trần Thiêm Bình[2] chạy qua nước Lão Qua sang Bắc Kinh, tự xưng là con vua Trần Nghệ Tông, cũng xin nhà Minh khởi binh báo thù. Minh Thành Tổ hỏi Thiêm Bình cần bao nhiêu quân, Thiêm Bình nói rằng chỉ cần vài nghìn người, đến đó người ta tự nguyện hành phục. Bùi Bá Kỳ nói rằng không thể được. Vua Minh giận, phế bỏ Bá Kỳ, đem ông an trí ở Thiểm Tây, Cam Túc.

Đến khi Thiêm Bình thất bại, vua Minh cho gọi Bá Kỳ về ban sắc cho và ân cần hứa hẹn sẽ lập con cháu nhà Trần và để ông làm phụ thần. Rồi sai Bá Kỳ theo quân Minh về nước...[3]

Sau đó, vua Minh Thành Tổ lấy chiêu bài "Phù Trần diệt Hồ" sai Trương Phụ dẫn quân rầm rộ kéo sang, rồi chiếm đóng luôn nước Việt. Bùi Bá Kỳ được nhà Minh phong chức Hữu tham nghị.

Năm 1407, thất vọng vì biết vua quan nhà Minh không có ý định tái lập nhà Trần, Lê Cảnh Tuân viết thư (Vạn ngôn thư) khuyên Bùi Bá Kỳ yêu cầu nhà Minh giữ lời hứa...Đọc thư xong, ông vội giấu kín trong nhà [4].

Sau, người nhà Minh ngờ Bùi Bá Kỳ có phản lại, bèn bắt đưa về Kim Lăng (Nam Kinh). Sách Đại Việt sử ký toàn thư của Ngô Sĩ Liên chép việc này như sau:

(Tuy làm quan, nhưng) Bá Kỳ không dự với đồng liêu ở nha môn, chỉ ở nhà riêng thu nạp các viên quan cũ bị sa cơ lỡ bước. Bấy giờ viên thổ hào ở Đông Triều là Phạm Chấn lập Trần Nguyệt Hồ làm vua ở Bình Than, đề cờ chiêu an gọi là Trung nghĩa quân, cho nên người Minh ngờ Bá Kỳ (có bụng khác)...[3]

Theo Từ điển nhân vật lịch sử Việt Nam thì trong thời gian Bùi Bá Kỳ bị giam ở Nam Kinh, người nhà Minh đã giết chết ông [5].